Este museo remonta su historia a 1530 cuando fray Juan de Zumárraga adquiere dos casas erigidas por los conquistadores Andrés Núñez y Martín López sobre las ruinas de la pirámide de Tezcatlipoca, señor del inframundo y protector de los guerreros en la cultura mexica. Ahí se estableció el Obispado de México, segundo en la Nueva España. El edificio se amplió con el paso de los años y tuvo diversas funciones como sede de la diócesis. En el año de 1629, al igual que numerosas edificaciones, queda sepultada bajo el lodo después de una magna inundación.
El espacio cuenta con dos Salas de exposición y espacios culturales.
